За време на војната Јапонија беше сојузник на нацистичка Германија и не се откажа од своите планови да војува против СССР, и покрај договорот за заемна неутралност склучен во април 1941 година во Москва. За време на војната, јапонската страна повеќе пати смислено ги кршеше договорите.
Владејачките кругови и специјалните служби на Јапонија полагаа големи надежи во примената на бактериолошко оружје. На тоа е гледано како на средство кое може да одигра речиси решавачка улога во борбата против непријателот.
На изработка и тестирање на такво оружје работеа 731 и 100 специјален одред на Квантуншката армија. Луѓе беа заразувани со предизвикувачи на чума, антракс, колера, тифус и други микроби, како резултат на што повеќето од нив починуваа во агонија, додека преживеаните беа изложувани на понатамошни експерименти, а потоа убивани. Илјадници луѓе страдаа како жртви на јапонските милитаристи, пренесуваат руските медиуми.
Според документите од кои е симната ознаката за доверливост, Јапонија планирала да започне бактериолошка војна во јуни 1945 година. Јапонија капитулираше во август истата година.